《意见》提出，要落实主体功能区规划，严禁在禁止开发区域内从事各种开发活动，在重点开发区要根据当地的资源环境承载能力，采用对自然环境影响小的先进开发方式，合理控制开发强度和时序。对环境造成影响的项目要认真进行清理整顿。科学编制矿区总体规划，矿区总体规划是项目开发的前置条件，矿山开发要按照矿区总体规划实施。
《意见》要求，进一步健全矿山开发生态环境保护制度。建立生态环境准入和环境影响监测评估制度，对矿山企业造成的粉尘污染、噪声污染、碾压草场、地下水位下降等问题进行长期监测、定期评估，切实保证农牧民正常生产生活。严格执行矿山项目环境影响评价，切实落实矿山地质环境治理保证金制度，新建矿山企业环保设施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产。科学利用和保护水资源，实行最严格的水资源管理制度，加快确立水资源开发利用控制、用水效率控制、水功能区限制纳污3条红线。
《意见》明确，建立健全矿山开发利益补偿和分享机制，切实保护矿区农牧民合理利益，完善征地(草牧场)补偿办法。建立对农牧民环境污染补偿机制，各盟市环境保护部门要对矿区周边产生的环境影响进行检测评价，根据影响程度确定封闭区和缓冲区范围。