对生态城市的理解不够充分和深入:许多片面的观点认为环境优美的城市即为生态城市，将卫生城市、花园城市等同于生态城市，生态城市内涵模糊不清。而真正意义上的生态城市，其核心是人与自然的高度和谐，它有着综合性的内涵。

　　生态城市建设规划的编制和管理有待完善:生态城市建设规划没有充分意识到针对我国城市特点地区差异显著的现状；生态规划的制定与实施脱节。有些生态城市规划陷入“大而全”的泥潭。建设和管理中涉及的许多相关部门责任不明确，使得规划编制与实施脱节。

　　生态城市建设评价指标体系有待改进。指标的选取和定值缺乏地域特色；评价指标体系缺乏动态性；当前指标体系未能很好地反映出环境、经济和社会三者之间的有机联系。

　　对我国开展的生态城市建设实践活动的现实意义理解有偏差:严格意义的生态城市是一个理念，是一个不断完善的过程。如果忽略了这个问题，将生态城市建设认为是一个达标的过程，那么生态城市建设将会流于形式，变成了领导者的政绩工程。

　　生态城市建设的地域界定和对区际关系的认识上存在误区:许多城市常常将乡村排除在生态城市建设的范围之外。国外的案例提醒我们，生态城市概念中的“城市”，不仅指城市化地区，还包括城市所有的乡村，应强调城市与其周围地域之间动态的统一性。

　　缺乏有效的生态城市建设公众参与机制:我国生态城市建设形成了依靠政府力量开展的局面。因此，转变政府角色，发动广大市民与各种组织积极参与，是当前我国生态城市建设中尚需改进的地方之一。