《意见》明确了各功能区域生态调控的重点。都市功能核心区着力保护好鹅岭、南山等绿色山脊及长江、嘉陵江水域生态廊道，加强大气污染防治；都市功能拓展区着力保护好缙云山、中梁山、铜锣山、明月山等生态屏障；城市发展新区着力加强华蓥山、大娄山等生态屏障保护、河流湖库污染整治和农村面源污染防治；渝东北生态涵养发展区突出三峡库区水源涵养；渝东南生态保护发展区突出生态修复和保护。
《意见》提出，要坚持生态优先、绿色发展，推动形成绿色生产生活方式，实现全市生态文明建设水平与全面建成小康社会目标相适应。到2020年，长江干流重庆段水质总体稳定在Ⅲ类；都市功能核心区和拓展区空气质量优良天数比例稳定在80%以上；城市发展新区环境质量稳步改善；渝东北生态涵养发展区和渝东南生态保护发展区森林覆盖率稳步提高至50%和52%，基本建成碧水青山、绿色低碳、人文厚重、和谐宜居的生态文明城市。
《意见》还明确，中央生态建设和环境保护的各类资金，除中央有明确规定外，60%以上安排给渝东北生态涵养发展区和渝东南生态保护发展区的区县。同时，在渝东北、渝东南两个生态发展区争取设立三峡库区产业投资基金，大力发展能效贷款、排污权质押贷款、碳排放权抵押贷款等绿色信贷业务。