受产业特点等影响，多年来，吴江市环保压力一直较大。近几年来，吴江市委、市政府痛下决心，全方位开展环境保护和生态建设。2005年~2008年，吴江市环保投入逐年增加，从2005年的9.52亿元增加到2007年的23.76亿元，去年，吴江市安排了新增财力的10%以上用于环境治理。经过4年的生态市创建，目前，吴江市9个镇全部建成国家级环境优美镇，216个村成为省级卫生村，104个村成为省级生态村。
为进一步开展水环境综合整治，近年来，吴江环保部门建立了联合执法、科技监控、多点监测等工作机制，购置了两条快艇和探地雷达仪用于环保检查，完善了远程自动监控系统。为加大保护东太湖水质力度，吴江市严格禁止在沿太湖地区上污染项目，自2004年以来，吴江市每年拒批30多个污染项目，把不符合准入条件的项目坚决拒之门外。